Das FTZ bietet einmal jährlich einen berufsbegleitenden Lehrgang zum Forschungstaucher an. Hierbei kooperieren die Universität Rostock und das Leibniz-Institut für Ostseeforschung Warnemünde, unterstützend wirken externe Ärzte und weitere anerkannte Ausbilder und Helfer. Die Ausbildung gliedert sich in die Abschnitte:

Der Theorieteil (ca. 80 h Vorlesung/Seminar) kann von allen Universitätsangehörigen kostenfrei besucht werden und findet im Februar-März (9:30-16 Uhr, 3 Wochen) statt. Die Vorlesungsinhalte beinhalten Gesetzeskunde, Tauchphysik, -technik, -physiologie, -medizin, -unfälle und praktische Verfahren des Forschungstauchens. Die Vorlesung wird mit der Modulprüfung Grundlagen des wissenschaftlichen Tauchens abgeschlossen.

Die praktische Ausbildung ist kostenpflichtig und auf 10 Teilnehmer begrenzt und setzt eine Tauchertauglichkeit (G31) und sehr gute körperliche Kondition voraus. Die Tauchertauglichkeit für Forschungstaucher ist eine arbeitsmedizinische Pflichtuntersuchung und darf nur von ermächtigten Ärzten bzw. Berufs- und Arbeitsmedizinern mit besonderer Fachkunde ausgeführt werden, die zusätzlich in der Lage sein müssen, den Arbeitsplatz des Forschungstauchers einschätzen zu können.

Die praktische Teil besteht aus Schwimmhallen- und Freiwasserausbildung. Das Schwimmhallentraining (6-8 Uhr, mind. 20h Übungen) und die Theorie (9-16 Uhr)  werden drei Wochen lang im Februar-März unterrichtet. Die Freiwasserausbildung beinhaltet 70 Tauchgänge (30h Tauchzeit), sowie Taucherdienst (ca. 100h) und findet am Schweriner See (2 Wochen, Anfang Mai) und in der Ostsee (3 Wochen, Juni-Juli) statt. Aktuelle Termine für den nächsten Kurs sind hier  zu finden. Jeder Lehrgang wird durch eine Prüfung abgeschlossen, die unter Leitung der Prüfungskommission für Forschungstaucher bei der BG Bau steht.